荧光定量PCR仪所用到的实时荧光定量PCR技术是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，而实现对起始模板定量及定性分析的目的。在实时荧光定量PCR反应中，引入了一种荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环，收集一个荧光强度信号，这样就可以通过荧光强度变化监测产物量的变化，从而得到一条荧光扩增曲线图，达到监测PCR产物扩增量的目的。

　　一般而言，荧光扩增曲线可以分成三个阶段：荧光背景信号阶段、荧光信号指数扩增阶段和平台期。在荧光背景信号阶段，扩增的荧光信号被荧光背景信号所掩盖，无法判断产物量的变化；而在平台期，扩增产物已不再呈指数级增加，PCR的终产物量与起始模板量之间没有线性关系，因此根据最终的PCR产物量不能计算出起始DNA拷贝数。只有在荧光信号指数扩增阶段，PCR产物量的对数值与起始模板量之间存在线性关系，故选择该阶段进行定量分析。为了较方便的进行DNA拷贝数的定量，在实时荧光定量PCR技术中引入了三个非常重要的概念：基线、荧光阈值和Ct值。

　　荧光定量PCR仪的实时荧光定量PCR技术是DNA定量技术的一次飞跃。运用该项技术我们可以对DNA、RNA样品进行定量和定性分析。定量分析包括绝对定量分析和相对定量分析。前者可以得到某个样本中基因的拷贝数和浓度；后者可以对不同方式处理的两个样本中的基因表达水平进行比较。