混合模板DNA和有荧光素的Taqman探针，遵守聚合酶链反应规律使高温变性，低温复性，适温延伸的热循环完成，切断和模板DNA互补配对的Taqman探针，荧光素在反应体系中游离。荧光在特定光激发下发出，被扩增的目的基因片段随着循环次数的增加呈指数级增长，Ct值根据实时检测与之对应的随扩增而变化荧光信号强度求取出来，同时对照多个已知模板浓度的标准品，就能够使待测标本目的基因的拷贝数得出。

　　荧光定量PCR仪需要规范样品核酸提取和实时荧光扩增时的操作，避免样品交叉污染，酶被降解，出现假阳性的情况。

　　（1）根据试验的分区严格操作，按照提取区、扩增区、检测区单方向流动，不能够逆向流动物品、样品和试剂。

　　（2）在对多份样品进行操作的时候，制备反应混合液，首先混合好荧光PCR反应液、荧光探针和酶。之后在每个PCR管中进行分装，如此不仅会使操作次数减少，而且能够使污染避免，还能够使反应的精确度增加。

　　（3）在对样品和蛋白酶k添加的过程中，要对避免酶的降解和样品的交叉污染尤其留心。

　　（4）在操作的时候，需要将阴性及阳性对照设立，能够对荧光PCR反应的准确性和可信性进行验证。

　　（5）使用的离心管、枪头和PCR管需要确保没有污染，或者将它们进行高压灭菌。

　　（6）在完成核酸的提取之后应当立刻进行仪器的扩增，不能够在室温环境下过长时间放置提取的核酸，空气中的酶能够轻易的将其降解，其可以在－70℃冰箱内长期保存，在－20℃冰箱内短期保存。

　　（7）因为产物气溶胶或标本DNA会很容易对移液器造成污染，所以需要使用可高压处理的移液器。